Схема Цирка на Фонтанке традиционна для абсолютного большинства исторических цирковых арен Европы. Зал Цирка на Фонтанке представляет собой круглый манеж, окруженный амфитеатром сидячих мест. Прямо напротив выхода артистов имеются комфортабельные ложи класса люкс.
Всего сидячих мест в Цирке на Фонтанке – 1700. До масштабной реконструкции в середине десятых годов цирк вмещал больше людей – 2200. На уменьшение количества пошли ради качества – обновленные амфитеатры теперь доступнее и обеспечивают лучший обзор.